Timide et peu sûre d'elle, Molly Mahoney est la gérante du Merveilleux magasin de Mr. Magorium, le plus étrange, le plus fantasque et le plus merveilleux des magasins de jouets du monde. Mais lorsque Mr. Magorium, un excentrique personnage de 243 ans, lui lègue le magasin, un changement inquiétant commence à se produire...