C'est l'histoire d'un homme qui reçoit la visite de son cancer. " Bonjour, lui dit le cancer, je suis votre cancer. Je me suis dit que ça serait peut-être pas mal de faire un petit peu connaissance... "

Les apparitions magiques de sa femme défunte et de son fils disparu depuis des années confirment à Oncle Boonmee que sa fin est proche. Dans son domaine apicole, entouré des siens, il se souvient alors de ses vies antérieures. Accompagné de sa famille, il traverse la jungle jusqu'à une grotte au sommet d'une colline, lieu de naissance de sa première vie.

Alors qu'il se hisse hors de son nid sur une plage de Californie, Samy, petite tortue des mers, trouve et perd dans la foulée l'amour de sa vie : la jeune Shelly. Au cours de son périple à travers les océans qu'accomplissent toutes les tortues de mer avant de retrouver la plage qui les a vus naitre, Samy n'a de cesse de faire face à tous les dangers afin de retrouver Shelly. Accompagné de son meilleur ami Ray, ils sont des observateurs privilégiés de la façon dont l'homme affecte la planète. Mais il est alors secouru par ces mêmes humains. Il combat des piranhas, échappe à un aigle et part à la recherche d'un mystérieux passage secret. Un jour, enfin, après toutes ces aventures, Samy retrouve Shelly. Elle non plus ne l'a pas oublié...